西双版纳热带植物园标本馆主要收集云南热带地区的维管植物标本,但通过标本交换也收集一些亚热带和温带地区的标本。至2004年4月30日数据库统计,共有正号标本106000(份),40000份复号标本。正号标本中约86000号(份)为被子植物,700号(份)为裸子植物,13000号(份)为蕨类植物。标本存放系统科采用三个不同的系统:蕨类植物用Ching R. C's System(1978);裸子植物用Zheng Wangjun's System (1978); 被子植物用J. Hutchinson's System (1926, 1934),属和种按拉丁字母顺序进行排列存放。
这些标本由国外和中国国内来源两部分组成:国外标本有7407份:美洲660份,非洲138份,澳洲2份,东南亚6605,国外其它地区4份。国内的标本一共有92973份,其中广东省和海南省共5272份,广西省4433份,贵州省16份,河北1份,黑龙江省53份,湖南省17份,吉林省133份,江西省1份,内蒙古20份,青海省187,山东省1份,四川省4297份,西藏251份,云南省72923份,采集地不详者5355份,见图[西双版纳热带植物园标本馆标本主要采集地]。
目前,所有标本都进入微机管理系统。本数据库全部记录为118,982条,其中113,399份标本已有照片可供下载,照片量已覆盖了所有标本的物种数。
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