西双版纳热带植物园标本馆主要收集云南热带地区的维管植物标本，但通过标本交换也收集一些亚热带和温带地区的标本。至2004年4月30日数据库统计，共有正号标本106000（份）,40000份复号标本。正号标本中约86000号（份）为被子植物，700号（份）为裸子植物，13000号（份）为蕨类植物。标本存放系统科采用三个不同的系统：蕨类植物用Ching R. C's System(1978)；裸子植物用Zheng Wangjun's System (1978)； 被子植物用J. Hutchinson's System (1926, 1934)，属和种按拉丁字母顺序进行排列存放。

这些标本由国外和中国国内来源两部分组成：国外标本有7407份：美洲660份，非洲138份，澳洲2份，东南亚6605，国外其它地区4份。国内的标本一共有92973份，其中广东省和海南省共5272份，广西省4433份，贵州省16份，河北1份，黑龙江省53份，湖南省17份，吉林省133份，江西省1份，内蒙古20份，青海省187，山东省1份，四川省4297份，西藏251份，云南省72923份，采集地不详者5355份，见图[西双版纳热带植物园标本馆标本主要采集地]。

目前，所有标本都进入微机管理系统。本数据库全部记录为118,982条，其中113,399份标本已有照片可供下载,照片量已覆盖了所有标本的物种数。